《孔子闭房记》的内容具体是什么？现在已经无从考察。顾炎武认为是类似《推背图》之类的图谶秘纬图书。也有人从字面上认为，《孔子闭房记》是房中术一类的图书，到底是什么，因为古代的焚书，已经不知道了。但从史料的只言片语中，可以看出这部书大概率是谶纬书。
《日知录》卷三〇载：
自漢以後，凡世人所傳帝王易姓受命之說，一切附之孔子。如沙丘之亡，卯金之興，皆謂夫子前知而預為之讖。其書蓋不一矣。魏高祖太和九年，詔自今圖讖秘緯及名為《孔子閉房記》者，一皆焚之，留者以大辟論。《舊唐書·王世充傳》：世充將謀篡位，有道士桓法嗣者，自言解圖讖，乃上《孔子閉房記》，畫作丈夫持一竿以驅羊，釋云：「隋楊，姓也；幹一者，王字也。王居羊後，明相國代隋為帝也。」世充大悅。詳此，乃似今人所雲《推背圖》者，今則托之李淳風而不言孔子。
王世充谋反，就有道士献上此书，并看图说话解谜，论证王代杨是天命。可见此书是谶纬之术。